DỰ ĐOÁN GEN BIỂU HIỆN CAO CHO THIẾT KẾ GEN DÙNG TRONG TÁI TỔ HỢP

Dương Thị Kim Chi, Trần Văn Lăng, Huỳnh Xuân Hiệp



DOI: 10.15625/vap.2016.00017

Abstract


Dự đoán gen biểu hiện cao HEG (Highly Expressed Gene) là một công đoạn quan trọng trong việc tìm gen tối ưu cho quá trình tái tổ hợp. Các gen biểu hiện cao trong tế bào thường có xu hướng có các đặc trưng tương tự nhau, chủ yếu là đặc trưng về xu hướng sử dụng codon. Bài viết này đề xuất một hướng tiếp cận mới để phân cụm dữ liệu ứng dụng để xác định nhóm các gen có đặc trưng giống nhau về xu hướng sử dụng codon để dự đoán HEG. Các thực nghiệm được triển khai trên hai thuật toán PAM (Partitioning Around Medoids), CLARA (Clustering for Large Applications) cho việc phân cụm dự đoán HEG. Các kết quả thu được cho thấy CLARA vượt trội hơn PAM về thời gian, chất lượng phân cụm.

Keywords


DNA tái tổ hợp, gen B.subtilis, PAM, và CLARA, HEG, HSCU (Relative Synonymous Codon Usage)



Copyright (c) 2017 PROCEEDING of Publishing House for Science and Technology



PROCEEDING

PUBLISHING HOUSE FOR SCIENCE AND TECHNOLOGY

Website: http://vap.ac.vn

Contact: nxb@vap.ac.vn