ỨNG DỤNG GIẢI THUẬT SONG SONG TRÊN HỆ THỐNG CPU-GPU CHO BÀI TOÁN TÌM KIẾM MOTIF

Abstract

Bài toán tìm kiếm motif trên trình tự ADN là một bài toán phực tạp và mất nhiều thời gian để giải quyết. Đã có rất nhiều thuật toán được đề xuất và giải quyết tốt cho bài toán này, nhưng về vấn đề thời gian vẫn là thách thức lớn. Bên cạnh đó, hiện nay công nghệ tính toán song song trên GPU rất phổ biến, vì vậy thực hiện song song hóa bài toán tìm kiếm motif trên GPU sẽ là giải pháp nhằm cải thiện vấn đề thời gian. CUDA và OpenCL là 2 công nghệ lập trình trên GPU phổ biến nhất hiện nay. Trong bài báo này, chúng tôi tiến hành song song hóa thuật toán Pattern Branching tìm motif trên GPU bằng hai công nghệ CUDA và OpenCL nhằm đánh giá so sánh hiệu suất giữa chúng.